یکی از موارد مهم در احداث یک گلخانه توجه به زهکشی گلخانهاست. در مناطقی با زمینهای دارای بافت سخت و با لایه تحتالارض غیر قابل نفوذ با قرار دادن لولههای سفالی منفذ دار زیربسترها و یا به طرق ابتکاری دیگر تمهیدات لازم را در جهت بهبود زهکشی میاندیشند.